生物分析软件 蛋白上下游

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2022年2月15日，Non-factor 生物在MolecularCancer杂志(if: 27.401)以第一作者和通讯单位，与美国纽约圣约翰大学陈·教授共同发表了题为《癌液眼镜的蛋白质组学技术》的综合文章，并综述了各种高通量。

蛋白组织学的研究方法如下:蛋白蛋白质组学的发展既受到技术的驱动，也受到技术的限制。蛋白定性研究的成功很大程度上取决于其技术方法的水平。蛋白定性研究技术远比基因技术复杂和困难。不仅氨基酸残基种类比核苷酸残基多(20/4)，而且蛋白具有复杂的翻译后修饰，如磷酸化、糖基化等，给-4蛋白的分离和分离带来诸多困难。另外，用表达载体体外扩增纯化蛋白质粒并不容易，因此很难大量制备蛋白质粒。

对蛋白细胞质的研究，本质上是对蛋白细胞质和分析的大规模并行分离，往往同时处理几千个蛋白细胞质。因此，开发高通量、高灵敏度、高准确度的研究技术平台是当前乃至相当一段时间内定性研究的主要任务。目前国际蛋白质性研究技术平台的技术基础和发展趋势如下:蛋白质性数据库是蛋白质性研究水平的标志和基础。SWISSPROT拥有世界上最大、最多样化的蛋白质量数据库。

我尝试在一个细菌的整个基因组中扫描一个功能基因的保守motif，工具是MEME平台的FIMO模块。结果显示一条错误消息，大意是蛋白序列包含无法识别的氨基酸U，分析无法继续。直接用X替换U，或者删除含有U的序列片段(不影响目标蛋白sequence分析)。生物根据化学教科书，氨基酸U是一种22种已知的蛋白定性氨基酸，命名为硒代半胱氨酸。

1。蛋白定性鉴别:可利用单向电泳和双向电泳结合Western等技术，利用蛋白定性芯片、抗体芯片、免疫沉淀等方法研究蛋白的定性鉴别。2.翻译后修饰:mRNA表达产生的许多蛋白蛋白质都要经过磷酸化、糖基化、酶原激活等翻译后修饰。翻译后修饰是调节蛋白 quality功能的重要途径，因此研究蛋白 quality的翻译后修饰对明确蛋白 quality的功能具有重要作用。

基因敲除和反义技术分析基因表达产物蛋白定性功能均可。此外，对蛋白在细胞中表达后的定位研究，也在一定程度上有助于了解蛋白的功能。Clontech的荧光蛋白表达系统是研究蛋白在细胞中定位的良好工具。4.对于人类来说蛋白蛋白质组学的研究最终是为人类健康服务的，主要是指促进分子医学的发展。例如寻找药物的目标分子。很多药物本身就是蛋白质量，很多药物的靶分子也是蛋白质量。

本来打算根据自己的经验和对蛋白定性数据分析的理解，写一系列相关课程进行复习，没想到在网上发现别人已经做过了，笔记还挺全面的，从样品处理到质谱仪原理到数据分析等等。虽然有些是重复的，但我不想再整理了。因为笔记链接只是微信草稿，担心后期作废，所以只是复制到这里审核。

Next mega4.1去NCBI或者Eztaxon或者其他可以链接到数据库的地方下载一些细菌的16sDNA序列。然后对比mega做一个系统树。比如我们可以做一个假单胞菌的进化树，选择几个假单胞菌序列，选择合适的计算方法，用软件计算进化树，记得放一个外来物种作为参考。不要指望很多人回答，这里大部分都是中学生。

线粒体自身的基因组，即线粒体DNA(mtDNA)，位于基质中。本研究选取了被认为是线粒体DNA中进化最快、多态性最强的DLOOP全序列对南宁本地水牛的mtDNA控制区分析进行测序，并下载了其他物种的DLOOP序列，对多个序列进行比对分析，为水牛品种与其他物种的亲缘关系等研究领域提供遗传数据，研究水牛品种的种质资源。

序列拼接:短序列比对如Velvet、Soapdenvoo、Sasake、Abyss、Trinity，局部比对如bwa、bowtie、tophat、SOAPAligner，全局比对如Blast、blat、CorssMatch，基因预测如Muscle、clustalw、Glimmer、GeneMark、Augustus。